Основними функціями відділу є:

- організація та здійснення контролю за виконанням протиепізоотичних заходів з метою забезпечення епізоотичного благополуччя області;

- організація та здійснення у межах повноважень, передбачених законодавством, державного нагляду (контролю) щодо здоров’я та благополуччя тварин;

- розробка Планів протиепізоотичних заходів по профілактиці основних заразних хвороб тварин;

- організація виконання загальнодержавних програм та планів у галузі ветеринарної медицини, у тому числі державного моніторингу здоров’я тварин;

- проводить аналіз причини виникнення інфекційних та інших хвороб тварин і розроблення рекомендацій щодо їх профілактики та ліквідації;

- участь у випадках, передбачених законом, з організації своєчасного   встановлення карантину в разі виникнення особливо небезпечних хвороб, що підлягають повідомленню, проведенню карантинних та інших ветеринарно-санітарних заходів в інфікованій та буферній зонах, зоні спостереження;

- контролює у разі виникнення надзвичайних ситуацій, пов’язаних із хворобами тварин державного контролю за проведенням протиепізоотичних заходів, на підконтрольних об’єктах, якщо необхідність такого контролю встановлена законом;

- організує здійснення контролю за ефективним використанням ветеринарних препаратів, придбаних за кошти державного бюджету;

- надання методичної та практичної допомоги управлінням Держпродспоживслужби у районах та містах області щодо здійснення протиепізоотичних заходів.