- Управління безпечності харчових продуктів та ветеринарної медицини
- Управління фітосанітарної безпеки та санітарної охорони території
- Управління державного нагляду за дотриманням санітарного законодавства, санітарного та епідемічного благополуччя населення
- Управління захисту прав споживачів та контролю за регульованими цінами
- Управління економіки, бухгалтерського обліку та звітності
- Управління роботи з персоналом
- Управління організаційно-господарського забезпечення
- Управління правового забезпечення
- Відділ реєстрації сільськогосподарської техніки
- Сектор внутрішнього аудиту
- Cектор підтримки користувачів
- Відділ з питань запобігання та виявлення корупції
- Березівське районне управління
- Білгород-Дністровське районне управління
- Болградське районне управління
- Ізмаїльске районне управління
- Одеське районне управління
- Подільське районне управління
- Розділянське районне управління