Основними функціями відділу є:

- реалізація державної політики у галузі ветеринарної медицини, проведення державного ветеринарно-санітарного контролю та нагляду за безпечністю та якістю харчових продуктів, кормових добавок, преміксів та кормів;

- організація виконання загальнодержавних програм щодо безпечності та окремих показників якості харчових продуктів, у тому числі державного моніторингу залишків ветпрепаратів та забруднюючих речовин у живих тваринах, харчових продуктах тваринного та рослинного походження і кормах;

- здійснення державного контролю за харчовими продуктами та кормами, а також потужностями, що використовуються для їх виробництва, переробки, зберігання та обігу.

- організація роботи щодо проведення державного контролю за додержанням потужностями гігієнічних вимог при виробництві, транспортуванні, зберіганні та реалізації харчових продуктів, інших об’єктів санітарних заходів, кормових добавок, преміксів та кормів;

- координація та організація робіт з проведення досліджень (випробувань) харчових продуктів, кормових добавок, преміксів та кормів для цілей державного контролю;

- організація та здійснення державного контролю за впровадженням постійно діючих процедур, заснованих на принципах системи аналізу небезпечних факторів та контролю у критичних точках (НАССР);

- участь у проведенні санітарно-епідеміологічних розслідувань, спрямованих на виявлення причин та умов, що призводять до виникнення хвороб;

- координація діяльності з проведення державної ветеринарно-санітарної експертизи харчових продуктів, кормових добавок, преміксів та кормів. Здійснює аналіз роботи державних лабораторій ветеринарно-санітарної експертизи на агропродовольчих ринках; координація та організація державного ветеринарно-санітарний контролю та нагляд щодо виконання Планів державного моніторингу залишкової кількості ветеринарних препаратів та забруднюючих речовин у живих тваринах, харчових продуктах тваринного та рослинного походження і кормах;

- координація та здійснення державного нагляду (контролю) за діяльністю суб’єктів господарювання, які здійснюють виробництво, перевезення, зберігання, реалізацію органічної продукції (сировини);

- розгляд матеріалів щодо затвердження експортних потужностей або про їх виключення з реєстру затверджених експортних потужностей, та вносить відповідні пропозиції;

- здійснення контролю за дотриманням управліннями Держпродспоживслужби в районах (містах) процедур видачі документів дозвільного характеру, в т. ч експлуатаційних дозволів, ведення державної реєстрації потужностей та ін.